Galvenā atšķirība: Archaea ir vienšūnu organismi, kuriem nav kodolu un metāna izdalīšanās kā metabolisma produkts. Baktērijas ir vienšūnas organismi, kuriem trūkst kodola, mitohondriju, hloroplastu, golgabodu un ER.
Organismi ir svarīgi mūsu eksistencei, jo cilvēki un visas citas dzīvās lietas ir attīstījušās. Organismus var iedalīt divās kategorijās: eukariotu un prokariotu. Prokariotu mikroorganismus var tālāk iedalīt trīs domēnos: eukariā, baktērijās un arhīvos. Tas var kļūt mazliet mulsinoši, jo šie divi izskatās līdzīgi, un bieži vien tie var tikt sajaukti, pamatojoties tikai uz izskatu, lai gan tie atšķiras dažādos veidos.
Arheja ir līdzīga formas un izmēra baktērijām; tā ir tāda, kur rodas neskaidrības, tomēr dažām arhejām ir ļoti neparastas formas, piemēram, Haloquadratum walsbyi organismiem ir plakanas un kvadrātveida formas šūnas. Archaea ir arī senākie atklātie organismi. Tie svārstās no 0, 1 mikrometriem (μm) līdz vairāk nekā 15 μm diametrā un sastopami dažādās formās, ieskaitot sfēras, stieņus, spirāles, plāksnes, lūpu šūnas, adatas līdzīgus pavedienus un taisnstūra stieņus. Lai gan arhīvs izskatās līdzīgs baktērijām, tam ir gēni un vielmaiņas ceļi, kas ir līdzīgi eukariotiem, ieskaitot trīs RNS polimerāzes. Izdzīvošanai arhīvs balstās uz ētera lipīdiem. Vēl viena unikāla arhitektūras iezīme ir tā, ka viņi var izdzīvot ekstremālos apstākļos, piemēram, ļoti karstā, ļoti aukstā vai ļoti sāļa ūdenī. Arī arheālo šūnu sienām trūkst peptidoglikāna, kas atrodas baktērijās. Lielākajā daļā arhitektūras sienu montē no virsmas slāņa olbaltumvielām, kas veido stingru olbaltumvielu molekulu masīvu, lai pārklātu šūnas ārpusi, līdzīgi ķēdes pastam. Archaea iegūst enerģiju no dažādiem avotiem, piemēram, cukuriem, amonjaka, metāla joniem, ūdeņraža gāzēm, saules stariem un oglekli, bet kā blakusproduktu ražo slāpekli, metānu, sērskābi utt. Arheja tiek reproducēta, izmantojot tādus pasākumus kā bināro šķelšanos, sadrumstalotību vai novecošanu. Arhitektūra spēlēja un joprojām spēlē lielu daļu oglekļa cikla un slāpekļa cikla uz Zemes.
Baktērijas ir lielākais prokariotu mikroorganismu domēns. Tiek uzskatīts, ka tās ir viena no pirmajām dzīvības formām, kas parādījās uz Zemes un atrodas vairumā biotopu, tostarp dzīvo cilvēku, dzīvnieku un augu ķermenī. Tiek lēsts, ka uz Zemes ir aptuveni piecas (5 × 10 ^ 30) baktērijas. Lai gan sākotnēji baktērijas tika uzskatītas par augiem, kas veido klasi Schizomycetes, tas tagad ir klasificēts kā prokarioti. Atšķirībā no eukariotu šūnām, baktēriju šūnas nesatur kodolu un reti sastopamas ar membrānu saistītās organellas. Termins "baktērijas" ir Jaunā latīņu "baktērija" daudzskaitlis un ir iegūts no grieķu βακτήριον (baktērion) un βακτηρία (baktēria), kas nozīmē "personāls, cukurniedres", kas attiecas uz organismu formu, kas konstatēta laiks. Termins "baktērijas" tika lietots, lai atsauktos uz visām prokariotēm, lai gan vēlāk tas tika mainīts, jo papildu atklājumi atklāja atšķirības starp organismiem.
Baktērijas parasti ir dažas mikrometri garas, kas sastopamas dažādās formās, ieskaitot kokosus, bacilus, vibriju, spirilu, spirocetes un kubveida. Baktēriju šūnas ir aptuveni viena desmitā daļa no eukariotisko šūnu lieluma un parasti ir 0, 5–5, 0 mikrometri garas. Baktēriju formu nosaka šūnu siena un citoskelets, kas maina un pielāgojas, lai saņemtu atbilstošas barības vielas, pievienotos virsmām, peldētu šķidrumos un izvairītos no plēsējiem. Baktēriju sienu ieskauj lipīdu membrāna, kas ietver un uztur barības vielas, proteīnus un citas būtiskas citoplazmas sastāvdaļas šūnā. Baktērijām kā prokariotēm nav membrānu saistītu organellu un tātad tās satur dažas lielas intracelulāras struktūras. Viņiem trūkst patiesa kodola, mitohondriju, hloroplastu un citu organelu. Tajās ir arī tikai viena RNS polimerāze. Šūnu membrāna satur estera saites, bet šūnu sienas ir izgatavotas no peptidoglikāna. Bakterijas aug un vairojas aseksuāli, izmantojot bināro sadalīšanos.
Baktērijas ir svarīga planētas daļa, un tām ir liela nozīme barības vielu pārstrādē, piemēram, slāpekļa fiksācija no atmosfēras un pūšanas. Pat ekstremālos apstākļos baktērijas nodrošina uzturvielas, kas nepieciešamas dzīvības uzturēšanai, pārveidojot izšķīdušos savienojumus, piemēram, sērūdeņradi un metānu. Baktērijas var arī kaitēt organismam, radot cilvēkiem dažādas slimības, piemēram, elpceļu slimības, HIV utt. Daudzām slimībām antibiotikas tiek izmantotas, lai atbrīvotos no kaitīgo baktēriju ķermeņa. Baktērijām ir arī citi lietošanas veidi, piemēram, notekūdeņu attīrīšana, eļļas noplūde, siera un jogurta ražošana, zelta, palādija, vara un citu metālu reģenerācija.