Galvenā atšķirība: Katoļu Bībelē ir oriģinālās četrdesmit sešas Vecās Derības grāmatas (kas ietver septiņas Apocrypha grāmatas) un divdesmit septiņas Jaunās Derības grāmatas. Protestantu Bībele ietver tikai trīsdesmit deviņas Vecās Derības grāmatas un divdesmit septiņas Jaunās Derības grāmatas.
Galvenā atšķirība starp katoļu un protestantu baznīcām ir viņu ticība Bībelēm. Katoļi uzskata Bībeli par vienlīdzīgu autoritāti ar Baznīcu un tradīcijām, bet protestanti uzskata Bībeli par augstāko autoritāti ticībai un praksei.
Jāatzīmē, ka Bībele nav tikai viena grāmata; tā ir grāmatu kolekcija no rakstiem līdz vēsturiskiem notikumiem. Tā ir grāmata par Jēzus dzīvi, viņa apustuļiem un viņu dzīvi pēc tam, kad Jēzus nomira uz krusta. 4. gadsimta beigās šie dažādie apjomi un stāsti tika izpildīti vienā apjomā, kas būtībā ir mūsdienu Bībele, kā mēs to zinām. Mūsdienu Bībele sastāv no divām daļām: Vecās Derības un Jaunās Derības.
Gan katoļu, gan protestantu Bībelēs tajā pašā formātā ir iekļauta Jaunā Derība. Atšķirība rodas Vecajā Derībā. Vecā Derība, kas iekļauta protestantu Bībelē, tika veikta kanonizējot doktrīnas vai grāmatas. Kanonizācija ir process, kurā atlasīt, kuras grāmatas būtu jāpaliek un jākļūst par Bībeles daļu un kuras būtu jāizslēdz. Protestantu Bībele ietver tikai tās grāmatas, kas tika uzskatītas par Dieva vārdiem. Tika izslēgtas grāmatas un stāsti, kurus uzskatīja par “cilvēka” rakstiem. Šis kanonizācijas process aizņēma daudzus gadsimtus.
Vecā Derība sākotnējā Bībelē balstījās uz ebreju Rakstu tulkojumu, ko sauc par Septuagint. Ap 100. gadu ebreju rabīni pārskatīja savu Rakstu un izveidoja oficiālu jūdaismaņu kanonu, kas izslēdza dažas Grieķijas Septuagintas daļas.
Grāmatas tika izņemtas no Tobita, Judita, 1 Makabejiem, 2 Makabejiem, Gudrības (no Zālamana), Sirahas un Barūka. Daļa no esošajām grāmatām arī tika noņemtas, ieskaitot Psalmi 151 (no Psalmiem), Estera grāmatas daļas, Susanna (no Dānijas kā 13. nodaļu) un Bel un Pūķis (no Dānijas kā 14. nodaļa).
Tomēr Romas katoļu baznīca neatradās protestantu soļos un turpināja savu Veco Derību balstīt uz Septuagint. Tātad, būtībā katoļu Bībelē vēl joprojām ir oriģinālās četrdesmit sešas Vecās Derības grāmatas (kas ietver septiņas Apocrypha grāmatas) un divdesmit septiņas Jaunās Derības grāmatas. No otras puses, protestantu Bībele ietver trīsdesmit deviņas Vecās Derības grāmatas un divdesmit septiņas Jaunās Derības grāmatas.