Galvenā atšķirība: koagulācija nozīmē šķelšanos; tas būtībā attiecas uz ķīmisku procesu, kurā notiek nestacionāru daļiņu destabilizācija. Šīs daļiņas veido saķeri ar koagulanta palīdzību. No otras puses, flokulācijas līdzekļi veido flokus. To var raksturot kā fizisku vai mehānisku procesu, kurā koagulētie sīpoli vai flopi ir savienoti kopā, lai veidotu masas kā mākonis un pēc tam nogulsnes.
Ūdens var saturēt koloīdas cietas vielas, piemēram, nesalīdzināmas organiskās vielas, māla daļiņas, baktērijas, planktonu, nelielas bojātas augu materiāla daļiņas utt. Tādējādi šo piemaisījumu no ūdens atdalīšanai izmanto koagulācijas un flokulācijas paņēmienus.
Koagulācija tiek panākta, neitralizējot daļiņas, un līdz ar to daļiņu atgrūšanas spēks ievērojami samazinās. Pēc flokulācijas procesa izmantošanas koagulētās daļiņas veido lielu aglomerāciju, kas pazīstama arī kā floc.
Flokulācijas gadījumā šīs destabilizēto daļiņu aglomerācijas veido lielas daļiņas. To var panākt, arī pievienojot ūdenī šķīstošus organiskos polimērus ar augstu molekulmasu. Šo polimēru dēļ floka lielums palielinās, un pēc tam daļiņas noklājas. Ļoti svarīgi ir saudzīgi sajaukt flokulējošo līdzekli lēnā ātrumā, lai mazie flopi varētu viegli aglomerēt lielās daļiņās un beidzot nokrist.
Ūdens attīrīšanai koagulāciju parasti seko flokulācija.
Tādējādi ūdens attīrīšanas ziņā abus var viegli diferencēt. Koagulācijas laikā tiek pievienots koagulants, lai sasmalcinātu daļiņas kopā. No otras puses, flokulācijas laikā šķīdums tiek viegli sajaukts tā, lai mazie gliemeži, kas veidojas koagulācijas laikā, savāktos kopā un veidotos lielākos gabalos. Šie lielie gabali viegli noklājas un var tikt atdalīti.