Galvenā atšķirība: DBVS tiek izmantota datu glabāšanai failos. DBVS var izveidot attiecības starp diviem failiem. Dati tiek saglabāti plakanos failos ar metadatiem, bet RDBMS datus saglabā tabulas veidā ar papildu datu stāvokli, kas nodrošina attiecības starp tabulām. Atšķirībā no RDBMS, DBVS neatbalsta klientu servera arhitektūru. RDBMS nosaka integritātes ierobežojumus un seko normalizācijai, kas netiek atbalstīta DBVS.
DBVS un RDBMS abas ir pārvaldības sistēmas, kas attiecas uz tādu datu apkopošanu, kas nepieciešamas datu bāzes pārvaldīšanai. Neskatoties uz šo līdzību, starp tām pastāv lielas atšķirības. DBVS ir datu bāzes pārvaldības sistēma, bet RDBMS ir relāciju datu bāzes pārvaldības sistēma; šīs programmatūra ir izveidotas, lai efektīvi uzturētu un izmantotu liela mēroga datu vākšanu. Čārlzs ieviesa datubāzu pārvaldības sistēmas 1960. gadā, bet 1970. gadā IBM Sanhosē pētniecības laboratorijas Dr. EFCodd izveidoja relāciju datu bāzes sistēmas.
DBVS pārvalda lielu daudzumu strukturētu datu ar vaicājumu apstrādes priekšrocībām, kontrolējot piekļuvi datiem, datu koplietošanu un pareizu izguvi, kā arī datu pārveidošanu. RDBMS ir DBVS, kas saglabā datus tabulās; tabula ir savstarpēji saistītu datu kopu kolekcija, kas sastāv no kolonnām un rindām. Katrai no šīm tabulām ir unikāls identifikators vai "primārā atslēga". RDBMS arī saglabā attiecības starp datiem tabulu veidā. DBVS hierarhiskā modelī dati tiek organizēti kā apgriezts koks; kurā katram uzņēmumam ir tikai viens vecāks mezgls, bet ar iespēju vairākiem bērnu mezgliem. DBVS tīkla modelī vienības ir sakārtotas grafikā, un ceļi ir definēti, lai piekļūtu vienībām. Relāciju modelī DBVS dati ir sakārtoti divdimensiju tabulās, ko sauc par attiecībām, un RDBMS balstās uz šo konkrēto relāciju modeli. DBVS ir kvalificējama kā RDBMS, ja tā seko 13rules, ko noteikusi Dr.EFCodd. Šie noteikumi ir aprakstīti kā
1. noteikums: Visa informācija jāatspoguļo kolonnu pozīcijās.
2. noteikums: Katrai vērtībai jābūt pieejamai.
3. noteikums: Null vērtības ir sistemātiski jāapstrādā.
4. noteikums. Aktīvajam tiešsaistes katalogam jābalstās uz relāciju modeli.
5. noteikums: vismaz vienas valodas klātbūtne, kas aptver datu definīciju, skata definīciju, datu manipulācijas, drošības un integritātes ierobežojumus, autorizācijas un darījumu robežas.
6. noteikums: Sistēmai jāspēj atjaunināt teorētiski atjaunināmos skatus.
7. noteikums: sistēmai jāatbalsta augsta līmeņa ievietošana, atjaunināšana un dzēšana.
8. noteikums: Sistēmai jābūt fiziski neatkarīgai.
9. noteikums: Sistēmai jābūt loģiskai datu neatkarībai.
10. noteikums: Integritātes ierobežojumi jānorāda atsevišķi no lietojumprogrammas.
11. noteikums: Datu bāzes daļu sadalījumam dažādās vietās jāpaliek lietotājiem neredzams.
12. noteikums: Zema līmeņa valodu nedrīkst izmantot, lai apvērstu vai apietu integritātes noteikumus un ierobežojumus, kas izteikti augstākā līmeņa relāciju valodā.
DBVS var izmantot vienkāršiem lietojumiem, savukārt tās nākamās paaudzes dizains, proti, RDBMS, var tikt izmantots sarežģītām biznesa lietojumprogrammām. IBM informācijas pārvaldības sistēma (IMS) ir piemērs DBVS un Microsoft SQL Server ir RDBMS piemērs.