Galvenā atšķirība: EEPROM ir nepastāvīga atmiņa, kas ir lietotāja modificējama atmiņa, ko lietotāji var pastāvīgi izdzēst un pārprogrammēt, piemērojot augstāku parastu elektrisko spriegumu, kas radīts ārēji vai iekšēji. FlashROM ir universāla flash programmēšanas lietderība, ko izmanto, lai atklātu, lasītu, pārbaudītu, dzēstu vai rakstītu BIOS mikroshēmas DIP, PLCC, SOIC, TSOP vai BGA paketēs.
Kopš datoru sākšanas ir bijušas problēmas ar atmiņu un spēju saglabāt datus līdz brīdim, kad dators ir izslēgts vai gadījumos, kad dati tiek saglabāti pat pēc tam, kad tas ir izslēgts. Atmiņas mikroshēmas, kas sākotnēji tika izgudrotas, bija dārgas un tās varēja rakstīt tikai vienu reizi, pirms tās bija jāizmet. Tas kļuva par dārgu pasākumu, un šīs mikroshēmas tika izmantotas tikai, lai saglabātu datorā pieprasītās programmas; tomēr palielinoties pieprasījumam pēc lētākas atmiņas, tika izstrādāti dažāda veida atmiņas.
Vispirms saprotam, kas ir ROM. Tikai lasāma atmiņa ir nepastāvīgas atmiņas sistēmas veids datorā. Katrs dators ir aprīkots ar šo atmiņu, kurā ir norādījumi par datora palaišanu. ROM saglabā svarīgas programmas, piemēram, programmu, kas sāk datoru un veic diagnostiku. Datus, kas saglabāti ROM, nevar viegli pārrakstīt vai pārveidot. Šie dati netiek zaudēti arī tad, kad dators ir izslēgts.

EEPROM dominējošā iezīme ir tāda, ka datus var ievadīt un dzēst sistēmā vienu baitu laikā, kas ļauj programmētājam pilnībā kontrolēt, kādi dati tiek ievadīti. Tomēr šī metode aizņem ilgu laiku, jo katru datu ievada un dzēš baitu ar baitu. EEPROM sistēmu var arī atjaunināt, izmantojot ielāpus, un parasti tos izmanto, lai turētu datora BIOS (pamata ievades izejas sistēma). Mūsdienu EEPROM ir atteikušies no viena baita un ir pārgājuši uz vairāku baitu lapu darbību; tomēr viņiem joprojām ir ierobežots mūžs (cik reizes ROM var pārprogrammēt). EEPROM tehnoloģija tika uzcelta Džordžs Perlegos 1978. gadā Intel Intel 2816.

FlashROM izmanto Flash atmiņu, kas ir nepastāvīga atmiņa, ko izmanto datoros datu glabāšanai. To var viegli izdzēst un programmēt elektriski. Ir divu veidu Flash atmiņa: NAND un NOR. Tie tika nosaukti pēc NAND un NOR vārtiem, jo atsevišķām flash atmiņas šūnām piemīt līdzīgas īpašības kā šiem vārtiem. NAND tipa zibatmiņa ļauj atmiņu iedalīt blokos, kur atmiņa tiek rakstīta un izdzēsta blokos vai lapās un parasti ir mazāka par visu ierīci, padarot to ātrāk rakstāmu un dzēstu datus atmiņā. NOR tipa atmiņa ļauj rakstīt un lasīt vienu mašīnas vārdu atsevišķi. Sakarā ar to, ka atmiņas bloki darbojas kā viens bloks dzēšanai, vienlaikus ļaujot rakstīt datus baitu līmenī, zibspuldzei ir ievērojama priekšrocība salīdzinājumā ar EEPROM. Flash tiek uzskatīts arī par labāku, jo tas patērē mazāk enerģijas, ir izturīgāks un var izdzīvot pārmērīgu karstumu un spiedienu.
Gan EEPROM, gan Flash tiek izmantoti datorā atkarībā no uzņēmuma, kas projektē sistēmu. Lai gan Flash ir EEPROM veids, tas ievērojami atšķiras datu rakstīšanas un dzēšanas ziņā.