Galvenā atšķirība: Atomi ir pamatvienības, no kurām visas ir izgatavotas. Dažādu elementu atomi kopā veido molekulas. Tas notiek, izmantojot ķīmisku reakciju. Molekula ir mazākais ķīmiskās vielas daudzums, kas var pastāvēt. Būtībā savienojums ir molekulas veids. Molekulu var veidot divi vai vairāki tā paša elementa atomi vai divi vai vairāki dažādu elementu atomi. Tomēr savienojumi ir molekulas, kas sastāv no dažādu molekulu atomiem.

Elements ir tīra ķīmiskā viela, kurai ir viens vai viens atoma veids, kas atšķiras ar atomu skaitu. Atomu skaits ir iegūts no to elementu skaita, kas atrodas elementa kodolā. Kopumā ir identificēti 118 elementi, kas ir sadalīti starp metālu, metālu un nemetāliem. Katram elementam ir savs īpašību kopums. Lielākā daļa elementu ir pieejami uz zemes, bet daži ir izstrādāti mākslīgi, izmantojot kodolreakcijas. Elements jau ir neapstrādātākā formā, un to vairs nevar sadalīt. Visi elementi ir atrodami periodiskajā tabulā, kas uzskaitīta pēc atoma numura.
Dažādu elementu atomi kopā veido molekulas. Tas notiek, izmantojot ķīmisku reakciju. Piemēram: divi ūdeņraža atomi un viens skābekļa atoms apvienojas, veidojot ūdens molekulu.
Molekula ir mazākais ķīmiskās vielas daudzums, kas var pastāvēt. Piemēram, mazākais ūdens daudzums var būt ūdens vai H20 molekula. Tas ir izgatavots no dažādiem atomiem kopā; tādēļ to var atdalīt dažādos atomos.
Molekulai var būt ļoti atšķirīgas īpašības, salīdzinot ar elementiem, ko tā izgatavo. Piemēram: ūdens darbojas ļoti atšķirīgi nekā skābeklis vai ūdeņradis, kaut arī tas sastāv no diviem ūdeņraža atomiem un viena skābekļa atoma.
Turklāt atoms nevar pastāvīgi pastāvēt dabā, nesaistoties ar kaut ko. Mēs nekad neatradīsim tikai vienu skābekļa atomu vai vienu oglekļa atomu. Tas vienmēr ir saistīts ar kaut ko, piemēram, O2 (skābekli) vai CO2 (oglekļa dioksīdu). Molekulā saista molekula var pastāvēt neatkarīgi no dabas, tāpēc mēs vienmēr varam atrast skābekļa molekulu, oglekļa dioksīda molekulu, ūdens molekulu (H2O) utt.

Molekulas vienmēr mēdz apvienoties, veidojoties atkarībā no to stāvokļa. Piemēram, gāzveida stāvoklī molekulas mēdz būt tikai lidojošas. Šķidrā stāvoklī molekulas mēdz būt brīvi sagrupētas kopā, lai tās joprojām varētu pārvietoties. Tā kā cietā stāvoklī molekulas ir cieši iepakotas un var vibrēt.
Molekulas parasti ir molekulāras formulas. Piemēram: O2, H2O, CO2, C6H12O6 (cukurs). Molekulārā formula ir elementa nosaukums, kam seko šī elementa atomu skaits molekulā.
Būtībā savienojums ir molekulas veids. Molekulu var veidot divi vai vairāki tā paša elementa atomi vai divi vai vairāki dažādu elementu atomi. Tomēr savienojumi ir molekulas, kas sastāv no dažādu elementu atomiem. Tādējādi var teikt, ka visi savienojumi ir molekulas, tomēr ne visas molekulas ir savienojumi.
Tātad, ūdeņradis (H2), skābeklis (O2), slāpeklis (N2), ūdens (H2O), oglekļa dioksīds (CO2) un metāns (CH4) ir visas molekulas. Tomēr tikai ūdens (H2O), oglekļa dioksīds (CO2) un metāns (CH4) ir savienojumi, citi nav.